Ronaldo, é por aí.
Aqui no banco onde trabalho, esse ajuste no valor isento é feito a cada pagamento. No começo de ano, a gente envia para a área responsável os formulários assinados e pronto.
Quando a empresa não faz essa distinção, o ajuste será feito na declaração do imposto de renda e, muito provavelmente, maior será o valor restituído.