Está claro que para pedir a cidadania a pessoa deve ser residente permanente E ter morado pelo menos 3 anos no Canadá em um período de 5 anos.
Quanto à essa parte
Note: You must be a permanent resident for at least two years before you can apply for citizenship.
está claro que é preciso ter a residência permanente a pelo menos 2 anos (e obviamente ter os 3 anos de moradia dentro do período de 5 anos) para poder solicitar a cidadania. Ou seja, no meu entendimento, o pessoal que vai com visto de estudo ou trabalho poderá somar 50% do tempo à contagem de anos, conforme o Sandroms mencionou, mas de qualquer forma, precisará aguardar completar 2 anos de residência permanente para poder pedir a cidadania.