Thiago,
Suas horas de estágio serão computadas usando regra de três simples: Meses de estágio x horas por mês x 20 / 30 (ou 35 não me lembro direito)! Comigo aconteceu a mesma coisa. Outro ponto, quanto à experiência de estágio: acomselho voce a fazer o seu empregador escrever essa carta em inglês ou francês porque o entrevistador se sente mais seguro e também voce pode usá-la futuramente em uma entrevista de emprego no Quebec (muitas pessoas tem dificuldades de conseguir cartas de suas referências quando chegam aqui e não conseguem comprovar sua experiência).
É bom levar um segundo comprovante de estágio. Por exemplo, se ele é registrado com a sua universidade mande uma carta da faculdade, uma cópia do contrato ou comprovantes de pagamento.
Outro ponto: não mencione nada sobre legalidade da empresa mas mostre que voce adquiriu experiência e conhecimento que lhe serão úteis no Quebec.
Se voce tiver esses documentos acho que voce nao terá problemas porque estágio nao é obrigado a registrar na carteira e eles sabem que no Brasil é essa palhaçada de empresa irregular. A minha entrevistadora nem olhou minha carteira de trabalho (só olhou as cartas em inglês e o contrato de estágio).
Boa sorte no seu processo.
Abraços,
Mauro