Daniella,
Sobre o seu namorado ser cidadão Português, isto não impede nada, só dá um pouco mais de trabalho pois ele vai ter de tirar os antecedêntes criminais em Portugal quando vcs forem dar entrada na parte Federal. De resto, se ele tiver todos os documentos em dia e estiver legal no Brasil, com sua carteira de residente estrangeiro no Brasil, pode começar o processo! 
Os próprios formulários perguntam se há outra nacionalidade.
Agora outros irão te informar sobre casar ou não antes de dar entrada. Existe a possibilidade de declaração de união estável.